[Prévia] [Próxima] [Prévia por assunto] [Próxima por assunto]
[Índice cronológico] [Índice de assunto]

[Fwd: Curso Internacional Introducción a los Modelos Mixtos en el mapeo de QTL]

--------------------------- Mensagem Original ----------------------------
Assunto: Curso Internacional Introducción a los Modelos Mixtos en el mapeo
de QTL
De:      "Cecilia Bruno" <brunocecilia@gmail.com>
Data:    Qui, Novembro 17, 2011 14:49
--------------------------------------------------------------------
 Introducción a los Modelos Mixtos en el mapeo de QTL
Organizadores

El curso es organizado por la Cátedra de Estadística y Biometría de la
Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba1,el
Departamento de Estadística Aplicada de la Universidad de Wageningen
(Biometría)2 y el Programa ?*Generation Challenge Program-Integrated
breeding platform*?3

1http://www.agro.unc.edu.ar 2http://www.biometris.wur.nl/ 3
http://www.generationcp.org/ibp
Docentes

Mónica Balzarini: Cátedra de Estadística y Biometría, Universidad Nacional
de Córdoba. CONICET.

Cecilia Bruno: Cátedra de Estadística y Biometría, Universidad Nacional de
Córdoba. CONICET.

Marcos Malosetti: WUR-Biometris, Wageningen, The Netherlands.

Lucía Gutiérrez: Departamento de Estadística, Universidad de la República,
Uruguay.
Resumen de contenidos El mapeo de QTL se presentará como una extensión
natural del análisis de ensayos agrícolas dentro del marco teórico de los
modelos lineales mixtos. Sobre una base de datos genómicos se ajustarán
modelos con covariables genéticas que representan contrastes respecto la
probabilidad de determinados genotipos de QTL dada la información provista
por marcadores moleculares. El cálculo de estas covariables genéticas se
ilustrará en distintos tipos de poblaciones: líneas endocriadas, F2 y
paneles de asociación. Se comenzará por la actualización de conceptos
básicos de mapeo de QTL en la situación más simple, un único carácter y en
un único ambiente. Luego se extenderá hacia la detección de QTL en
múltiples ambientes (análisis QTLxE), modelando la estructura de
varianza-covarianza de los términos aleatorios del modelo. Posteriormente,
el uso de los modelos mixtos se ilustrará en el contexto de mapeo de
asociación donde existen otras fuentes de variación genética, como  aquellas
provocada por las relaciones de parentesco  entre los individuos. Se
presentará el uso de la interfaz gráfica de Genstat 14 para el mapeo de
asociación. También se explicarán formulaciones análogas de aplicaciones de
modelos mixtos en el software R y en Info-Gen. *
* Objetivos

1.  Ofrecer a los participantes un espacio para la discusión y generación
de conocimientos que les permita desarrollar análisis de QTL bajo distintos
tipos de poblaciones vegetales, para uno y múltiples ambientes y para uno y
múltiples caracteres.

2.  Familiarizar al participante con el uso de diversos procedimientos de
inferencia asociados a la evaluación de la evidencia de QTL.

3.  Desarrollar destrezas para la detección e información de la ubicación
de QTL y la estimación de sus efectos.

4.  Ilustrar una diversidad de aplicaciones de modelos lineales mixtos en
el análisis de mapeo de QTL y en el mapeo de asociación.

5.  Desarrollar destrezas para comunicar resultados científicos con la
terminología apropiada.
Programa

* *

* *

*Lunes 12 de Diciembre (Opcional)*

Introducción al Análisis de Modelos Mixtos en Mejoramiento Vegetal.

*Martes 13 de Diciembre*

·   Introducción al mapeo de QTL. Entendiendo los principios con el caso
simple. Análisis de QTL con un único carácter.

? Repaso de principios genéticos.

? Aspectos básicos de mapeo de QTL (asociación marcador-carácter, la
variación fenotípica en relación con QTLs, probabilidades condicionales de
QTL dada información sobre los marcadores).

?Regresión  marcador a marcador, mapeo por intervalo simple, mapeo por
intervalo compuesto.

*Miércoles 14 de Diciembre*

Análisis fenotípico de múltiples caracteres. Interacción Genotipo×ambiente
y QTLxE.

·  Análisis de genotipo x ambiente. GxE visto como la falta de paralelismo
para el desempeño medio: AMMI, regresión de Finlay Wilkinson, modelos
factoriales de regresión. GxE visto como varianzas heterogéneas y falta de
correlación entre ambientes.

·   Modelos mixtos que incluyen QTL x E.

*Jueves 15 de Diciembre*

EL uso de poblaciones no artificialmente creadas para detección de QTL. El
caso de mapeo de asociación.

·  Ligamiento y desequilibrio de ligamiento.

·  Diferencias/Similitudes entre el mapeo de QTL convencional y el mapeo
por desequilibrio de ligamiento.

·  El problema de la estructura poblacional/relaciones ocultas.

·  Modelos lineales mixtos para detección de QTL teniendo en cuenta la
estructura poblacional subyacente.

*Viernes 16 de Diciembre (Opcional)*

 Práctica de análisis de datos genómicos en GenStat, R e Info-Gen.
  ¿Cuándo y Dónde?

Martes 13 al jueves 15 de diciembre de 2011 (Obligatorio)

Lunes 12: pre-curso nivelatorio de Modelos Mixtos y viernes 16: Taller de
prácticas sobre software. (Opcional).

El curso se desarrollará en la Escuela para Graduados, Facultad de Ciencias
Agropecuarias, Universidad Nacional de Córdoba, Argentina. Av.Valparaiso
s/n cc 509 Ciudad Universitaria, Córdoba, Argentina; Teléfono
54-351-4334105 int 217 or int 219
¿A quiénes está dirigido el curso?

Estudiantes de posgrado, docentes y profesionales interesados en un enfoque
flexible del mapeo de asociación y del mapeo de QTL, aplicable en
situaciones simples (un solo fenotipo y un solo ambiente) así como en
situaciones más complejas como múltiples ambientes y múltiples fenotipos.
Metodología

Clases teórico y prácticas sobre notebook de los participantes.
Costos

Interesados de nacionalidad Argentina: 400 pesos argentinos.

Interesados de otra nacionalidad (extranjeros): 400 (dólares
estadounidenses).
Inscripción

Escuela para Graduados, Facultad de Ciencias Agropecuarias. Universidad
Nacional de Córdoba (posgrado@agro.unc.edu.ar). TE:
-351-4334105/06/16/17/18 int 217. Fax 54-351-4334118.
Información

Lic. Andrea Peña (andreapema@gmail.com). Cátedra de Estadística y
Biometría. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Universidad Nacional de
Córdoba. Teléfono: 54-351-4334105 int 219. Fax 54-351-4334118.
Hoteles

Para ayuda en reservas por favor contactar a la Lic. Andrea Peña (
andreapema@gmail.com).
Idioma del Curso

El curso será dictado en idioma Español.



*Inscripciones hasta: 5 de Diciembre de 2011*




-- 
Ing. Agr. (Dra) Cecilia Bruno
CONICET-Estadística y Biometría
Facultad de Ciencias Agropecuarias
Universidad Nacional de Córdoba
TE 54-351-4334103/05/16/17/18 interno 219





   "Biometry, the active pursuit of biological knowledge by quantitative
methods." R.A. Fisher,
Estimados Carlos y Roseli,

Espero se encuentren bien y me recuerden! Les escribe Cecilia Bruno, de Córdoba Argentina. Trabajo con Mónica Balzarini en la Cátedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la UNC y nos conocimos en el curso CABBIO que organizamos en el 2009.
El motivo por el cual les escribo es porque en esta oportunidad estamos organizando otro curso sobre la aplicación de modelos mixtos para el mapeo de QTL.
Les agradecería si pueden difundirlo en vuestra universidad y contactos.

Desde ya muchas gracias

Atte

Cecilia

Introducción a los Modelos Mixtos en el mapeo de QTL

Organizadores

El curso es organizado por la Cátedra de Estadística y Biometría de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Nacional de Córdoba1,el Departamento de Estadística Aplicada de la Universidad de Wageningen (Biometría)2 y el Programa ?Generation Challenge Program-Integrated breeding platform?3

1http://www.agro.unc.edu.ar 2http://www.biometris.wur.nl/ 3http://www.generationcp.org/ibp

Docentes

Mónica Balzarini: Cátedra de Estadística y Biometría, Universidad Nacional de Córdoba. CONICET.

Cecilia Bruno: Cátedra de Estadística y Biometría, Universidad Nacional de Córdoba. CONICET.

Marcos Malosetti: WUR-Biometris, Wageningen, The Netherlands.

Lucía Gutiérrez: Departamento de Estadística, Universidad de la República, Uruguay.

Resumen de contenidos

El mapeo de QTL se presentará como una extensión natural del análisis de ensayos agrícolas dentro del marco teórico de los modelos lineales mixtos. Sobre una base de datos genómicos se ajustarán modelos con covariables genéticas que representan contrastes respecto la probabilidad de determinados genotipos de QTL dada la información provista por marcadores moleculares. El cálculo de estas covariables genéticas se ilustrará en distintos tipos de poblaciones: líneas endocriadas, F2 y paneles de asociación. Se comenzará por la actualización de conceptos básicos de mapeo de QTL en la situación más simple, un único carácter y en un único ambiente. Luego se extenderá hacia la detección de QTL en múltiples ambientes (análisis QTLxE), modelando la estructura de varianza-covarianza de los términos aleatorios del modelo. Posteriormente, el uso de los modelos mixtos se ilustrará en el contexto de mapeo de asociación donde existen otras fuentes de variación genética, como  aquellas provocada por las relaciones de parentesco  entre los individuos. Se presentará el uso de la interfaz gráfica de Genstat 14 para el mapeo de asociación. También se explicarán formulaciones análogas de aplicaciones de modelos mixtos en el software R y en Info-Gen.


Objetivos

1.  Ofrecer a los participantes un espacio para la discusión y generación de conocimientos que les permita desarrollar análisis de QTL bajo distintos tipos de poblaciones vegetales, para uno y múltiples ambientes y para uno y múltiples caracteres.

2.  Familiarizar al participante con el uso de diversos procedimientos de inferencia asociados a la evaluación de la evidencia de QTL.

3.  Desarrollar destrezas para la detección e información de la ubicación de QTL y la estimación de sus efectos.

4.  Ilustrar una diversidad de aplicaciones de modelos lineales mixtos en el análisis de mapeo de QTL y en el mapeo de asociación.

5.  Desarrollar destrezas para comunicar resultados científicos con la terminología apropiada.

Programa

 

 

Lunes 12 de Diciembre (Opcional)

Introducción al Análisis de Modelos Mixtos en Mejoramiento Vegetal.

Martes 13 de Diciembre

·   Introducción al mapeo de QTL. Entendiendo los principios con el caso simple. Análisis de QTL con un único carácter.

? Repaso de principios genéticos.

? Aspectos básicos de mapeo de QTL (asociación marcador-carácter, la variación fenotípica en relación con QTLs, probabilidades condicionales de QTL dada información sobre los marcadores).

?Regresión  marcador a marcador, mapeo por intervalo simple, mapeo por intervalo compuesto.

Miércoles 14 de Diciembre

Análisis fenotípico de múltiples caracteres. Interacción Genotipo×ambiente y QTLxE.

·  Análisis de genotipo x ambiente. GxE visto como la falta de paralelismo para el desempeño medio: AMMI, regresión de Finlay Wilkinson, modelos factoriales de regresión. GxE visto como varianzas heterogéneas y falta de correlación entre ambientes.

·   Modelos mixtos que incluyen QTL x E.

Jueves 15 de Diciembre

EL uso de poblaciones no artificialmente creadas para detección de QTL. El caso de mapeo de asociación.

·  Ligamiento y desequilibrio de ligamiento.

·  Diferencias/Similitudes entre el mapeo de QTL convencional y el mapeo por desequilibrio de ligamiento.

·  El problema de la estructura poblacional/relaciones ocultas.

·  Modelos lineales mixtos para detección de QTL teniendo en cuenta la estructura poblacional subyacente.

Viernes 16 de Diciembre (Opcional)

 Práctica de análisis de datos genómicos en GenStat, R e Info-Gen.

¿Cuándo y Dónde?

Martes 13 al jueves 15 de diciembre de 2011 (Obligatorio)

Lunes 12: pre-curso nivelatorio de Modelos Mixtos y viernes 16: Taller de prácticas sobre software. (Opcional).

El curso se desarrollará en la Escuela para Graduados, Facultad de Ciencias Agropecuarias, Universidad Nacional de Córdoba, Argentina. Av.Valparaiso s/n cc 509 Ciudad Universitaria, Córdoba, Argentina; Teléfono 54-351-4334105 int 217 or int 219

¿A quiénes está dirigido el curso?

Estudiantes de posgrado, docentes y profesionales interesados en un enfoque flexible del mapeo de asociación y del mapeo de QTL, aplicable en situaciones simples (un solo fenotipo y un solo ambiente) así como en situaciones más complejas como múltiples ambientes y múltiples fenotipos.

Metodología

Clases teórico y prácticas sobre notebook de los participantes.

Costos

Interesados de nacionalidad Argentina: 400 pesos argentinos.

Interesados de otra nacionalidad (extranjeros): 400 (dólares estadounidenses).

Inscripción

Escuela para Graduados, Facultad de Ciencias Agropecuarias. Universidad Nacional de Córdoba (posgrado@agro.unc.edu.ar). TE: -351-4334105/06/16/17/18 int 217. Fax 54-351-4334118.

Información

Lic. Andrea Peña (andreapema@gmail.com). Cátedra de Estadística y Biometría. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Universidad Nacional de Córdoba. Teléfono: 54-351-4334105 int 219. Fax 54-351-4334118.

Hoteles

Para ayuda en reservas por favor contactar a la Lic. Andrea Peña (andreapema@gmail.com).

Idioma del Curso

El curso será dictado en idioma Español.

 

Inscripciones hasta: 5 de Diciembre de 2011





--
Ing. Agr. (Dra) Cecilia Bruno
CONICET-Estadística y Biometría
Facultad de Ciencias Agropecuarias
Universidad Nacional de Córdoba
TE 54-351-4334103/05/16/17/18 interno 219





   "Biometry, the active pursuit of biological knowledge by quantitative methods." R.A. Fisher,

Attachment: Introducción a los modelos mixtos Esp.doc
Description: MS-Word document

Attachment: Introduction to mixed model QTL detection Cordoba.doc
Description: MS-Word document