E falando em d3 + R, existem algumas bibliotecas muito promissoras, como os rcharts do Ramnath (http://rcharts.io) e o recente pacote ggvis (https://github.com/rstudio/ggvis), com grandes contribuições do Hadley Wickham, que tenta levar o já famoso ggplot para HTML5.
E aproveitando o ensejo, vale a pena dar uma olhada no shiny do RStudio ( http://www.rstudio.com/shiny/) que permite que todo esse ferramental seja usado para construir aplicações web de visualização, usando somente R.
Abs
Julio (celular)