O Instituto de Matemática e Estatística da USP abriga quatro programas de pós-graduação (mestrado e doutorado), um programa de mestrado profissional e um programa interunidades (mestrado e doutorado):
- Ciência da Computação
- Ensino de Matemática (mestrado profissional)
- Matemática
- Matemática Aplicada
- Probabilidade e Estatística
Desde a fundação do instituto em 1970, mais de 2600 títulos de mestrado e doutorado foram defendidos, 2000 títulos apenas neste século. Em novembro de 2020, os programas têm cerca de 600 candidatos de mestrado, doutorado e doutorado direto. Juntos todos os programas oferecem anualmente cerca de 130 disciplinas para todos os estudantes de pós-graduação da USP, que também são abertas para estudantes especiais.