RE: Base desconhecida?

["Jose Augusto R. Soares" <jose@ime.usp.br>]

Oi Jorge,

As bases são quatro mesmo. O que acontece é que pode ter uma posição
na seqüência que não se sabe exatamente que base aparece lá.
Para resolver isso, foram feitos códigos para todos os subconjuntos
não vazios das 4 bases, resultando em (2 elevado a 4) - 1 = 15
códigos.
Se aparecer um R como base isso quer dizer que se sabe que é um A ou G
naquela posição, mas não se tem certeza disso.
Segue abaixo o significado de cada um dos códigos.

Zé Augusto

PS.: Não se preocupem com esse detalhe na hora de fazer o
trabalho. Podem considerar pontuação 0 para qualquer alinhamento
envolvendo esses códigos.

(da página http://laguerre.psc.edu/general/software/packages/maxsegs/user.html#a11)



NAME                    CODE      MEANING

Adenine                 A         A
Cytosine                C         C
Guanine                 G         G
Thymine/Uracil          T/U       T/U
                        M         A or C
                        R         A or G
                        W         A or T/U
                        S         C or G
                        Y         C or T/U
                        K         G or T/U
                        V         A or C or G
                        H         A or C or T/U
                        D         A or G or T/U
                        B         C or G or T/U
                        X/N       A or C or G or T/U


Jorge F. Del Teglia wrote (on Sep 4, 2001):
 > Olá,
 > 
 > Estive olhando as seqüências de bases solicitadas para o EP, e no 
 > particular caso da "J00413 - Mouse beta-globin major gene", na posição 279 
 > da sequência (tem 6532 bases), tem uma letra 'N' .
 > Pelo que lembro, as bases validas são A, G, C, T e U.
 > 
 > Alguém pode-me explicar?
 > 
 > Obrigado,
 > 
 > 
 > -----------------------------------------------
 > Jorge F. Del Teglia
 > 
 > jorgefdt@uol.com.br
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