Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional

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RE: dúvidas sobre inicialização

Oi,

Abaixo segue o que esta' descrito no livro do Meidanis/Setubal para
inicializacoes, incluindo o necessario para nao penalizar lacunas no
inicio. Para nao penalizar lacunas no fim nao se trata de
inicializacao, mas sim de buscar o maior valor de pontuacao nas
ultimas linhas e colunas das matrizes. 

a[i][j] = melhor pontuacao entre s[1..i] e t[1..j] que termina com
          s[i] alinhado com t[j]
b[i][j] = melhor pontuacao entre s[1..i] e t[1..j] que termina com
          "-" alinhado com t[j]
c[i][j] = melhor pontuacao entre s[1..i] e t[1..j] que termina com
          s[i] alinhado com "-"

Com essas definicoes:

a[i][0], com i>0, impossivel alinhamento: a[i][0] = -infinito
     (e' impossivel esse alinhamento pois nao existe o simbolo t[0])
a[0][j], com j>0, idem

b[i][0], com i>0, impossivel alinhamento: b[i][0] = -infinito
b[0][j], com j>0, para nao penalizar lacunas no inicio: b[0][j] = 0

c[i][0], com i>0, para nao penalizar lacunas no inicio: c[i][0] = 0
c[0][j], com j>0, impossivel alinhamento: c[0][j] = -infinito

a[0][0] = 0, 
b[0][0] = -infinito
c[0][0] = -infinito

Ze' Augusto


Seiji wrote (on Sep 19, 2001):
 > Professor estamos implementando o algoritmo que usa 3 matrizes para achar a
 > melhor similaridade, e estamos com algumas dúvidas para iniciar as 3
 > matrizes sem levar em lacunas no início e no fim.
 >      Professor tem alguma dica para ajudar ???
 > 
 > abrigado
 > 
 > Seiji