Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional

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RE: Alinhamento entre o centro e os outros


Segundo o algoritmo estrela, é para alinhar (Sc, S2).

Mas pode ser interessante avaliar o que acontece se alinharmos 
(Sc',S2). Se der para garantir que no alinhamento final a pontuação do
alinhamento induzido entre o centro da estrela e a seqüência 2 é
ótimo, parece vantajoso alinhar (Sc',S2). Se não der para ter essa
garantia, é melhor alinhar (Sc, S2) mesmo.

Zé Augusto

=?iso-8859-1?q?Ricardo=20Hideo=20Sahara?= wrote (on Oct 14, 2001):
 > Ao alinhar um par de seqüências Sc (o centro da
 > estrela) com uma seqüência S1, obtenho as seqüências
 > alinhadas Sc' e S1'. Ao alinhar a próxima seqüência 
 > S2, devo aplicar  o algoritmo ao par (Sc, S2) ou ao 
 > par (Sc', S2)? 
 > 
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