Re: Alinhamento entre o centro e os outros

["Jose Augusto R. Soares" <jose@ime.usp.br>]

Ois,

É para alinhar Sc com S2.

Legal você ter tido o interesse de estudar as apostilas!
Tem 3 links diretos para apostilas de cursos:
1. Curso de Ron Shamir 
2. Curso de Martin Tompa 
3. Curso do Doug Brutlag & Lee Kozar 
4. Online Lectures on Bioinformatics

No Curso 1 o alinhamento é de Sc com S2.
No Curso 2 o alinhamento é de Sc' com S2.
Nos Cursos 3 e 4 eu não achei a descrição do método.

O alinhamento pode ser de Sc' com S2 NO CASO DE NÃO PENALIZARMOS
abertura de gaps. Não é o que eu especifiquei no enunciado do
exercício, mas é o caso do que está sugerido no Curso 2.

Veja este exemplo.
O alinhamento entre ACTG e ACTG é o óbvio.
Mas se você alinhar AC-TG com ACTG, o alinhamento ótimo obtido talvez
seja 
AC-TG
AC-TG
Não penalizando abertura de GAP's, a pontuação desse alinhamento
(assumindo que a p(-,-)=0) é a mesma do que o alinhamento
ACTG
ACTG
Nesse caso não haveria problemas em se alinhar Sc' com S2.

Mas, se você penalizar abertura de GAP's (não nas extremidades), é até
capaz da gente alinhar C-T com CT e obter o alinhamento
C-T
---CT

Zé Augusto


Leonardo Varuzza wrote (on Oct 18, 2001):
 > On Sun, 14 Oct 2001, Ricardo Hideo Sahara wrote:
 > 
 > > Ao alinhar um par de seqüências Sc (o centro da
 > > estrela) com uma seqüência S1, obtenho as seqüências
 > > alinhadas Sc' e S1'. Ao alinhar a próxima seqüência 
 > > S2, devo aplicar  o algoritmo ao par (Sc, S2) ou ao 
 > > par (Sc', S2)? 
 > 
 > Segundo duas apostilas dos cursos de bioinfo que estao linkados
 > na pagina da disciplina eh para alinhar Sc' a S2.
 > 
 > --------------------
 >   Leonardo Varuzza  
 >    ICQ: 115585787
 > 
 > `Think of it this way: threads are like salt, not like pasta. You
 >  like salt, I like salt, we all like salt. But we eat more pasta.''
 >