Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional

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Re: RE: Mais testes

Criei duas matrizes a partir de seqs reais e estou mandando (infile_peq e 
infile_gde), e os respectivos resultados que o neighbor do PHYLIP gera 
(treefile_peq e treefile_gde).
 

 
Os arquivos _peq foram feitos com um alinhamento de 6 seqs, e os _gde, com 
um de 30 (gene para o SSU rRNA, se alguém estiver muito curioso...).
 

 
Divirtam-se
 
J
 

 
Em 20 Nov 2001, Jose Augusto R. Soares escreveu:
 

 
>Talvez voce queira inventar matrizes de distancias e testar com o seu 
 
>programa e com o programa "neighbor" do pacote phylip. 
 
>O programa pode ser acessado (na rede IME ou linux) em 
 
>~jose/bin/biology/neigbor 
 
>
 
>Os resultados da rodada do neigbor ficam em "outfile" e "treefile" 
 
>
 
>Ze' Augusto 
 
>
 
>Seiji Isotani wrote (on Nov 20, 2001): 
 
> > Alguem sabe onde posso arranjar mais testes parecidos com o 
 
> > globin.dist que esta na pagina ??? 
 
> > 
 
> > 
 
> > 
 
> > agradeço se alguem puder me ajudar. 
 
> > 
 
> > Seiji Isotani <seiji@linux.ime.usp.br> 
 
> > 
 
> > ICQ UIN 17252857 
 
> > 
 
>
 
>----------
 

 

 

 
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João Marcelo Pereira Alves (J)
 
Dept. of Parasitology - Inst. Biomedical Sciences
 
f. 55 11 3767-6515 / 55 11 9608-3508
 
University of São Paulo - Brazil
 
http://www.geocities.com/alvesjmp/
 
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infile_gde

infile_peq

treefile_gde

treefile_peq