Biologia Computacional

Conteúdo das Aulas do mês de setembro

• Aula 7 (10 de setembro)
  • Esquemas de Pontuação: Matrizes PAM e BLOSUM
• Aula 8 (12 de setembro)
  • Ver lista de links em Bioinformatics Databases and Tools Guide
  • Bancos de Dados Biológicos: DNA, proteínas, especializados
  • Buscas baseadas em textos: SRS, Entrez, etc
  • Buscas baseadas em seqüências: BLAST, FASTA, programação dinâmica
  • Funcionamento do BLAST
• Aula 9 (17 de setembro)
  • Alinhamento de várias seqüências: pontuação SP
  • Algoritmo de Programação Dinâmica para o Problema do Alinhamento Múltiplo
  • Classes P e NP de problemas de decisão
  • Problema do Alinhamento Múltiplo é NP-difícil
• Aula 10 (19 de setembro)
  • Heurísticas para o Problema do Alinhamento Múltiplo: Algoritmo Estrela e Alinhamentos Progressivos
• Aula 11 (24 de setembro)
  • Filogenia.
  • Métodos de Distâncias.
    • Problema NP-difícil
    • Algoritmo UPGMA
• Aula 12 (26 de setembro)
  • Métodos de Distâncias.
    • Algoritmo UPGMA
    • Algoritmo Neighbor Joining