Pode assumir algum lugar onde o mico está instaldo sim. Só por favor, deixe isso indicado em algum lugar (num README ou coisa equivalente, por exemplo). Use "variáveis" no seu Makefile, como o Rodolpho sugeriu. Assim, se a correção do EP for feita num ambiente diferente daquele em que você o desenvolveu, bastará alterar essas "variáveis" do Makefile.
Perfeito, vou colocar uma variável MICOHOME que é a única que precisa ser configurada. As demais serão derivadas dela.
abraços