Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional


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RE: duvida do projeto 3



Oi,

Seiji Isotani wrote (on Nov 8, 2001):
 > 	Ola !!!
 > 	Estou com uma dúvida na transformação da matriz de distâncias, ou
 > seja, transformar a matriz com valores dij para valores Dij.
 > 	Primeira dúvida 
 > 		1) Dij = dij -(ri -rj) ou Dij = dij -ri -rj ???

Dij = dij -(ri+rj)

 > 		2) como calcula-se o ri ?? Pelo algoritmo temos que
 > ri=(1/(n-2))*(somatoria dos dik para todo os ck) ?? Eu não entendi direito
 > essa somatória !!! A variavel n é fixa ?? e o ck quem é, pelo que entendi
 > cada ck (c1, c2, .. cn) seria uma sequencia que deveria ser alinhada, ou
 > seja os ck seriam seq 1, seq 2, seq 3, seq n  ???
 > 
 > 	Não sei se estou complicando mas vou dar um exemplo :
 > 
 >  	Vamos em um exemplo se temos umas matriz 4X4 da forma
 >    1   2   3   4
 > 
 > 1  - 0.3 0.4 0.6 
 > 2  - -   0.5 0.5
 > 3  - -   -   0.8
 > 4  - -   -   -
 > 
Melhor pensar na matriz

    1     2    3    4
 
 1   0   0.3  0.4  0.6 
 2  0.3   0   0.5  0.5
 3  0.4  0.5   0   0.8
 4  0.6  0.5  0.8   0
 

 > para calcular a matriz Dij teriamos que fazer por exemplo
 > 
 > D12 = d12 - (r1 - r2)
D12 = d12 - (r1 + r2)
 > D12 = 0.3 - (r1 -r2)
D12 = 0.3 - (r1 + r2)
 > r1 = (1/(4-2)*somatoria dos dik para todo ck)

r1 = somatoria dos d1k para todo ck*(1/(4-2)
Note que é d1k e não dik

r1 = (d11+d12+d13+d14)/(4-2)

 > r2 = (1/(4-2)*somatorio dos djk para todo ck)
 > 

r2 = (d21+d22+d23+d24)/(4-2)
r3 = (d31+d32+d33+d34)/(4-2)
r4 = (d41+d42+d43+d44)/(4-2)

 > como faço a conta ???
 > e para  D14 ???
 > 

D14 = d14 - (r1 + r4)

Zé Augusto