Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional
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RE: duvida do projeto 3
- Subject: RE: duvida do projeto 3
- From: "Jose Augusto R. Soares" <jose@ime.usp.br>
- Date: Thu, 8 Nov 2001 15:40:02 -0200
Oi,
Seiji Isotani wrote (on Nov 8, 2001):
> Ola !!!
> Estou com uma dúvida na transformação da matriz de distâncias, ou
> seja, transformar a matriz com valores dij para valores Dij.
> Primeira dúvida
> 1) Dij = dij -(ri -rj) ou Dij = dij -ri -rj ???
Dij = dij -(ri+rj)
> 2) como calcula-se o ri ?? Pelo algoritmo temos que
> ri=(1/(n-2))*(somatoria dos dik para todo os ck) ?? Eu não entendi direito
> essa somatória !!! A variavel n é fixa ?? e o ck quem é, pelo que entendi
> cada ck (c1, c2, .. cn) seria uma sequencia que deveria ser alinhada, ou
> seja os ck seriam seq 1, seq 2, seq 3, seq n ???
>
> Não sei se estou complicando mas vou dar um exemplo :
>
> Vamos em um exemplo se temos umas matriz 4X4 da forma
> 1 2 3 4
>
> 1 - 0.3 0.4 0.6
> 2 - - 0.5 0.5
> 3 - - - 0.8
> 4 - - - -
>
Melhor pensar na matriz
1 2 3 4
1 0 0.3 0.4 0.6
2 0.3 0 0.5 0.5
3 0.4 0.5 0 0.8
4 0.6 0.5 0.8 0
> para calcular a matriz Dij teriamos que fazer por exemplo
>
> D12 = d12 - (r1 - r2)
D12 = d12 - (r1 + r2)
> D12 = 0.3 - (r1 -r2)
D12 = 0.3 - (r1 + r2)
> r1 = (1/(4-2)*somatoria dos dik para todo ck)
r1 = somatoria dos d1k para todo ck*(1/(4-2)
Note que é d1k e não dik
r1 = (d11+d12+d13+d14)/(4-2)
> r2 = (1/(4-2)*somatorio dos djk para todo ck)
>
r2 = (d21+d22+d23+d24)/(4-2)
r3 = (d31+d32+d33+d34)/(4-2)
r4 = (d41+d42+d43+d44)/(4-2)
> como faço a conta ???
> e para D14 ???
>
D14 = d14 - (r1 + r4)
Zé Augusto