Lista de Discussão de MAC 5726 - Biologia Computacional

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Re: Curiosidade

Seiji,
 

 
você lembrou de um ponto muito importante. Concordo, uma vez que também 
estou em um meio (quase) puramente Windows-cêntrico e com colegas que não 
sabem nem acessar o prompt do MS-DOS, o que dirá compilar um código fonte 
(por mais simples que isso seja pra quem se dispõe a ler alguns parágrafos 
do README). Mesmo sendo usuário de Linux há uns 4 meses e não tendo medo de 
computadores, ainda assim eu também me sinto meio perdido às vezes. Então aí 
vão algumas dicas de uns programas que acho que estão no caminho certo. Ou 
que já são idênticos às versões às quais o "público alvo" está 
acostumado...
 

 
É legal ver que isso está mudando e que muitos destes programas pra Win 
estão bastante bons em Linux, até mesmo a interface amigável. O Clustal 1.81 
é idêntico à versão Win, o PHYLIP, o MOLPHY e o TreePuzzle também (que mesmo 
no Win já são tipo linha de comando, portanto nenhuma novidade). O principal 
pacote para montagem de genomas, o phred/phrap/Consed, é bastante tranqüilo 
também, e a parte que exige manipulação pelo usuário é completamente gráfica 
(Consed). Há também alguns programas de edição manual de alinhamento muito 
simples de usar, como o SeaView. E um clássico da conversão de formatos, o 
ReadSeq, também está disponível em versão Java, e funciona perfeitamente na 
interface de janela. Já estão disponíveis também alguns programas para 
manipulação e edição de árvores filogenéticas, mas estes ainda não testei 
direito para dizer.
 

 
Ou seja, hoje já há versões Linux bastante utilizáveis para pessoas vindas 
do Windows. Depois que está tudo instalando e rodando (e nessa parte ainda 
tem muito o que mudar pra essas pessoas se sentirem confortáveis), não há o 
que temer. É só acostumar.
 

 
Inté
 
J
 

 
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João Marcelo Pereira Alves (J)
 
Dept. of Parasitology - Inst. Biomedical Sciences
 
f. 55 11 9608-3508
 
University of São Paulo - Brazil
 
http://www.geocities.com/alvesjmp/
 
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